Die Kühne-Stiftung ist eine operative Stiftung, welche ihre Förderprojekte fast ausschliesslich selbst initiiert. Hierbei haben sich in den letzten Jahren vier Förderungsschwerpunkte ergeben.
Logistik: Förderung der Aus- und Weiterbildung sowie der Wissenschaft und Forschung auf den Gebieten der Verkehrswissenschaft und Logistik. Zu diesem Zweck wurde 2010 die Kühne Logistics University (KLU) in Hamburg gegründet, die als private, staatlich anerkannte Hochschule sich der Lehre und Forschung in Logistik und Management widmet. Neben der Etablierung der KLU fördert die Kühne-Stiftung bereits seit vielen Jahren Lehrstühle in der Schweiz, Deutschland und China.
Humanitäres: Im Jahr 2010 wurde die H.E.L.P.-Initiative ins Leben gerufen. Ziel ist es, die Logistik im humanitären Sektor zu professionalisieren und für mehr Effizienz, Effektivität und Transparenz in den Prozessen zu sorgen. Die Kernbereiche bilden dabei Beratungsleistungen und Trainings für Praktiker, aber auch Projekte zur Förderung von Hochschulen in Entwicklungsländern sowie die Entwicklung und Anwendung von einfachen Verkehrsmitteln.
Medizin: Die Kühne-Stiftung initiiert und fördert ebenfalls Projekte in den Bereichen Medizin. Hier ist das Christine Kühne Centre for Allergy, Research and Education (CK-CARE) hervorzuheben, welches 2009 mit Standorten in Davos, München und Zürich gegründet wurde.
Kultur: Förderung von Musik und Literatur sowie Erhalt von Kirchen und Kapellen


